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单细胞研究服务 - 10×Genomics Fixed RNA测序

 

    单细胞RNA测序正越来越多地被用于分析更大数量级的样本,包括患者队列或不同扰动的分析,这使得高效和可扩展的工作流程变得愈发重要。多聚甲醛(PFA)固定能够在不牺牲样本完整性或数据质量的情况下采集样本、运输到中心实验室并开展分析,为样本获取、通量提高和批量分析创造了新的可能性。一次分析数十万个固定的单细胞,这有望为引领单细胞生物学走向未来开启大量机会,特别是对由于脆弱样本或时间限制而阻碍分析的转化和临床实验室。




            项目优势:


            (1)使用灵敏的探针法来分析数千个至数十万个细胞或细胞核的基因表达,该方法捕获人类或小鼠全转录组,可检测低表达基因

            (2)在不折损数据质量的情况下保存样本,允许您在同一次运行中批量分析样本,并最大限度减少实验可变性

            (3)每个通道中多达16个样本的混合分析为您带来更高的通量,帮助您扩展到大量样本的分析,同时降低每个样本的成本

            (4)锁定细胞状态,然后将高分辨率的基因表达分析与数百种细胞表面蛋白检测相结合,带来超高参数的多组学细胞分析

            (5)采用立即可用的可靠流程,并附带针对不同样本类型而优化的示范方案,包括细胞系、原代细胞以及含有脆弱细胞的解离组织


             技术流程:




  

             固定细胞的存储稳定性:



                              对固定后立即运行(第0天)、在4°C存储一周或在-80°C存储一个月的人类PBMC开展单细胞基因表达分析。主要的细胞类型群体随着时间的变化而保持稳定,表明PFA固定能够锁定生物学状态,实现运输和存储,从而缓解单细胞实验的限制。


                      对固定样本的基因表达数据开展细胞聚类分析:






                                    对人类PBMC进行固定并分成16个样本,每个样本与一组带条形码的探针进行杂交。将样本混合,并放入Chromium X芯片的单个通道中运行。A. t-SNE图显示了叠加在一起的所有混合物的80,000个细胞,而不同的簇代表了每种细胞类型。B. t-SNE图显示了按条形码拆分相同数据,以证明不存在批次效应,而且混样分析是一种有效策略,可降低单细胞实验的可变性,同时大大提高样本通量。